Mòdica, il cui nome originerebbe dal fenicio Mùtika (albergo, dimora: chiara l'analogia con la fenicia Utica, città dove si diede la morte Catone Uticense)[5] o dal siculo Mùrika (roccia nuda, non coltivabile), chiamata in seguito Μότουκα dai greci, è situata 15 km a sud del capoluogo di provincia, ed il suo territorio urbano si sviluppa su un esteso altopiano solcato da profondi canyon (detti localmente "cave"). La città sorge sulla confluenza di due fiumi a carattere torrentizio che dividono l'altopiano in quattro colline: Pizzo a nord, Idria ad ovest, Giganta ad est e Monserrato a sud.
I due fiumi, Pozzo dei Pruni e Janni Mauro (ormai asciutti e coperti nel tratto urbano), si uniscono a formare il Modicano, il cui alveo è stato coperto nei primi del Novecento divenendo l'odierno Corso Umberto I, asse principale della città. Il Modicano aveva dignità di fiume perenne, fino ai primi decenni del Novecento, in quanto alimentato da sorgenti permanenti, fra cui la più cospicua quella della Fontana Grande, la quale con le sue acque permetteva che fra il Cinquecento e l'Ottocento, lungo le rive del Μότουκανυς ποταμός, come lo chiamò il geografo grecoTolomeo nel II secolo d.C., sorgessero nel tratto modicano del fiume ben 23 mulini ad acqua! Poi vennero i mulini industriali, e l'acqua delle sorgenti fu incanalata nella rete idrica cittadina. Dal Settecento alla fine dell'Ottocento, la presenza lungo gli argini dei torrenti di 17 ponti, che consentivano il transito di uomini, animali e carri da un lato all'altro, fecero sì che in una delle prime edizioni, quella del 1934[6], della Enciclopedia Treccani, Modica fosse definita la città più singolare d'Italia, dopo Venezia, riportando l'impressione che la città aveva suscitato all'abatePaolo Balsamo da Palermo, nel 1808. Il nucleo urbanistico più antico è situato sulla collina (il cui promontorio è sormontato dai resti del Castello medievale) che separa i due torrenti, e sui versanti da essi creati. Il Comune di Modica gode di un vastissimo territorio comunale sviluppato in senso longitudinale, che partendo dalle pendici dei Monti Iblei, con un'altezza sul livello del mare compresa fra i 500 ed i 550 metri, nei pressi dei comuni montani di Giarratana, Monterosso Almo e Palazzolo Acreide, degrada lentamente fino alla costa che si affaccia sul Canale di Sicilia, con le sue due frazioni marinare di Maganuco e Marina di Modica. Il punto più alto del centro urbano, con i suoi 449 m s.l.m., corrisponde al campanile della chiesa di San Giovanni Evangelista a Modica Alta, mentre la sede comunale, a Modica Bassa, si trova a 296 m. di altezza sul livello del mare.